Kościół Niepokalanego Poczęcia NMP znajduje się na Ochocie przy placu Narutowicza #38. Ma układ trójnawowej bazyliki z wieżą frontową o półkoliście zamkniętym prezbiterium i kaplicami bocznymi imitującymi transept, czyli prostopadłą nawę do osi kościoła, znajdującą się pomiędzy prezbiterium a resztą budowli. Wieża kościoła posiada cztery kondygnacje. Każda następna ma nieco mniejszy rzut od poprzedniej. Początkowym pomysłem było nakrycie jej ostrołukowym hełmem, lecz nie zostało to zrealizowane [11]. Bryła powstała w stylu zmodernizowanego romanizmu, jednak skarpy opinające nawy oraz wieża nadają jej cechy gotyckie. Okrągła kaplica Najświętszej Marii Panny (w południowej części transeptu) została wybudowana na kaplicy przedpogrzebowej, dlatego wchodzi się do niej po wysokich schodach [6].

We wnętrzach znajduje się belka tęczowa (nad prezbiterium) z krzyżem; zabytkowy krucyfiks z XVII wieku; marmurowy ołtarz przedsoborowy (autor: Jan Zachwatowicz) i posoborowy; ambona z płaskorzeźbami (autor: ks. M. Węglewicz); droga krzyżowa w postaci płaskorzeźbionych tarcz (autor: Franciszek Masiak); marmurowa płaskorzeźba Serca Pana Jezusa i marmurowa figura Niepokalanej (autorka: Zofia Trzcińska-Kamińska); ołtarzyk z obrazem Miłosierdzia Bożego oraz polichromie nawiązujące do wczesnośredniowiecznych fresków (autorzy: Lech, Helena i Piotr Grześkiewiczowie), w tym freski w prezbiterium (1947), freski nawy głównej (1980–82), mozaika Matki Bożej Częstochowskiej na frontonie (1984) i wystrój Kaplicy Najświętszego Sakramentu (1996). Kościół zdobi 25 witraży poświęconych dziejom Armii Krajowej i Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie[18] (autor: ks. Henryk Żochowski, wykonanie – Ryszard Więckowski, 1987–89). Jest to pierwsze tego typu dzieło w Polsce z okresu końca komunizmu.

Dzisiaj Kościół wyróżnia się pociemniałymi, ceglanymi elewacjami ze śladami pocisków, sprawiając wrażenie budowli wielowiekowej, choć jest to efekt spalin z uczęszczanej ul. Grójeckiej. Świątynia należy do kanonu najlepszych dzieł architektury polskiej XX wieku [6].

Patronem parafii jest św. Jakub Większy. Nazywany był Większym, ponieważ wśród Apostołów było dwóch Jakubów. Dla odróżnienia nazywani są Większym i Mniejszym, albo też Starszym i Młodszym. Prawdopodobnie nie chodzi o różnicę wieku, lecz o kolejność przystępowania do grona apostołów. Święty Jakub Większy to patron wojowników, robotników, aptekarzy, farmaceutów, kapeluszników, woskarzy, kowali, pielgrzymów, jest opiekunem jabłek i ziemiopłodów, często wzywany w modlitwach o pogodę i w przypadku reumatyzmu [9].

W kościele na tablicy pamiątkowej umieszczono nazwiska inicjatorów. Oprócz niej znajdują się tablice upamiętniające Stefana "Grota" Roweckiego, Stefana Mirowskiego, Jana Salamuchę, Joachima Bartoszewicza, Marię Święcicką i żołnierzy pułku AK „Garłuch” [11]. W świątyni jest również przechowywana kopia obrazu Matki Bożej Latyczowskiej. Według pierwotnych planów miał tu trafić oryginał pochodzący z Latyczowa i uratowany przed bolszewikami. Zanim jednak Kaplica Kresowa (w której miał się znaleźć) została ukończona, trafił on do innego kościoła [4].

Pod koniec XIX wieku intensywnie rozwijała się zabudowa trasy wylotowej na południe Warszawy, czyli szosy Krakowskiej. Gdy liczba ludności tzw. przedmieścia jerozolimskiego i okolicznych wsi przekroczyła 40 000 osób, pojawiły się sugestie wybudowania kościoła parafialnego, gdyż mieszkańcy korzystali z położonych daleko kościołów: św. Stanisława niedaleko ul. Kasprzaka i św. Piotra i Pawła na Koszykach [6].

W 1904 roku uzyskano zgodę na zbiórkę datków i budowę świątyni. Komitet budowy świątyni powstał rok później. Ciekawostką jest, że tworzyli go księża, prawnicy i tylko jeden architekt, Józef Pius Dziekoński. Przewodniczył mu bp Kazimierz Ruszkiewicz [6]. W 1908 roku ogłoszono konkurs na projekt kościoła. Do tego czasu komitet zgromadził kwotę 150 000 rubli, w tym 10 000 rubli zebranych podczas Wystawy Mariańskiej z okazji 50-lecia dogmatu o Niepokalanym Poczęciu Najświętszej Maryi Panny w 1904 roku (stąd pochodzi wezwanie kościoła) [6]. Dodatkowo wolski posesjonat Jan Grondzki przekazał tereny kilku nieruchomości o wartości 300 000 rubli [8], które zostały sprzedane.

Początkowo planowano lokalizację bliżej śródmieścia, jednak mieszkańcy wymogli umieszczenie kościoła w centrum powstającej dzielnicy, przy alei Grójeckiej, na gruntach wsi Ochota i Nowoczyste [6]. Dlatego kościół stanął niemalże w szczerym polu [16]. Zdecydowano się nabyć podwójną działkę, a na drugim z nabytych placów wybudować dom dla ubogiej i osieroconej młodzieży płci męskiej [6].

Na konkurs zostały nadesłane 33 projekty. Pierwszą nagrodę jednomyślnie otrzymał Oskar Sosnowski, młody architekt o pięcioletniej praktyce, absolwent Wydziału Inżynieryjnego Politechniki Warszawskiej i podopieczny Józefa Piusa Dziekońskiego [6].

W 1911 roku biskup Kazimierz Ruszkiewicz dokonał wmurowania kamienia węgielnego. W 1912 roku na cokole z wołyńskiego granitu postawiono ściany z cegły, które rok później sięgnęły do parapetów okien nawy, a w wieży do gzymsu koronującego. Prace przerwał brak funduszy, a następnie I wojna światowa.

W 1918 roku ks. abp Aleksander Kakowski erygował parafię św. Jakuba Apostoła. Prace budowlane kontynuowano dopiero od 1927 roku [14]. Prowadzono je powoli i II wojna światowa zastała świątynię nieukończoną [6]. Pierwszym proboszczem został ks. Jakub Dąbrowski, który był nim aż do śmierci, gdy zginął podczas bombardowania kościoła i domu parafialnego.

W lipcu 1924 roku młoda Helena Kowalska (późniejsza siostra Faustyna) bez zgody rodziców przyjechała do Warszawy, aby zgodnie ze słowami widzenia zostać zakonnicą. Według polecenia poszła pierwszego dostrzeżonego kościoła. Ponieważ kościół Niepokalanego Poczęcia NMP stał wtedy pośród pól i był wyraźnie widoczny z dworca kolejowego, udała się właśnie tam. Proboszcz Jakub Dąbrowski skierował ją do Aldony i Samuela Lipszyców w Ostrówku, u których mogła zamieszkać i zarobić na posag pozwalający wstąpić do klasztoru [13][6]. W tamtych czasach kościół był jeszcze w budowie, a Msze Święte były odprawiane w tymczasowej kaplicy po północno-wschodniej stronie obecnego kościoła. Dzisiaj jest tam sala duszpasterska pod wezwaniem Siostry Faustyny [9].

W 1939 roku odłamki pocisków uszkodziły lekko dachy i nieco ciężej kaplicę Najświętszej Marii Panny [6]. W 1944 roku spłonęła drewniana dzwonnica (w której były ukryte dzwony przeznaczone do Świątyni Opatrzności Bożej) [9]. Uległy wtedy zniszczeniu witraże, dachy, prospekt organowy oraz ołtarz z zabytkowym, XVII-wiecznym krucyfiksem [6]. Wieża została postrzelona pociskami [5].

Drugim proboszczem był ks. Mieczysław Węglewicz, który w 1940 roku po uwolnieniu z Pawiaka otrzymał tę nominację. Zmarł w 1943 roku na chorobę serca [17].

Jednym z pierwszych działań renowacyjnych po wojnie była odbudowa organów. W 1946 roku ks. infułat Zygmunt Choromański konsekrował kościół wraz z prowizorycznym, drewnianym ołtarzem [13]. Od 1943 r. proboszczem był ks. Stanisław Mystkowski, który po wojnie podjął się odbudowy świątyni [17]. W kolejnych latach pod kierunkiem Jana Zachwatowicza odrestaurowano cztery uszkodzone ołtarze, odnowiono tynki i wykonano freski w prezbiterium wg projektu Lecha Grześkiewicza. Odbudowę zakończono w latach 50-tych XX wieku. W 1960 roku odbyła się druga uroczysta konsekracja [6], dokonana przez ks. kardynała Stefana Wyszyńskiego [9].

W Powstaniu Warszawskim wnętrze zostało spalone, a sprzed wojny zachowała się ambona z 1941 roku oraz obraz św. Franciszka z 1936 roku, ufundowany przez kobiety z Zieleniaka [19]. W PRL-u władze wstrzymywały rozbudowę kościoła pod pretekstem utrudnień w ruchu lotniczym, następnie zaś ścierały się koncepcje dokończenia budowy. Nie odbudowano dzwonnicy, gdzie częściowo znajdowała się plebania, a obszar należący do kościoła został ograniczony podczas przebudowy ul. Grójeckiej [11]. W 1965 roku obiekt został wpisany do rejestru zabytków pod numerem 670. W 1977 roku położono miedzianą blachę nad korpusem głównym, kończąc przywracanie świątyni przedwojennego wyglądu. Strzelistego hełmu wieży, zakładanego w projekcie Sosnowskiego, nigdy nie zrealizowano [6].

Pierwsza plebania została zbudowana w 1950 roku, a druga (Infułatówka) powstała w latach 1957-1958. Dom parafialny został rozbudowany w latach 1984-1986 [14]. W latach 1972-1995 proboszczem był ks. Henryk Żochowski. Dokonał on wspomnianego remontu kościoła, adaptował go do posoborowych warunków liturgicznych, wykonał żyrandole oraz witraże o tematyce religijno-patriotycznej. Kościół otrzymał także polichromie w nawie głównej i w kaplicy Najświętszego Sakramentu oraz wystrój kaplicy Matki Bożej [17].

Obok kościoła w latach 2012-2013 został wybudowany zakład pogrzebowy, który zasłonił częściowo bryłę kościoła i stał się obiektem powszechnej krytyki [10]. Obok świątyni znajduje się obecnie budynek kancelarii parafialnej i dwa budynki, które są miejscem spotkań wiernych parafii rzymskokatolickiej św. Jakuba Apostoła [12] – sala św. Faustyny i budynek z salami św. Cecylii, Niepokalanej, ministrantów, Akcji Katolickiej i z kawiarenką [5]. Od 1995 r. proboszczem parafii jest ks. Henryk Bartuszek [17].